对于破产企业出现留抵税额时，笔者认为可以分情况进行区分。
若存在欠缴增值税或者又发生销项税额的，则可以直接抵扣。例如破产企业对土地、厂房等资产拍卖后，需按照资产转让计算各项税费，管理人按照预征率在税务机关预缴增值税，然后申报本次按简易征收应交增值税后形成欠税，用留抵税额进行抵扣。
若没有销项税额可以抵扣的情形，现有的处理方法存在两点问题：
其一，根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发〔2004〕112号）第一条“对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税”的规定，进项留抵税额只能抵减增值税欠税，抵减增值税以外的其他税种，税务局会认为存在政策障碍，而不会放手让管理人抵扣；
其二，税务局还会以《国家税务总局关于税收优先权包括滞纳金问题的批复》及《税收征管法》的规定，要求对税款滞纳金优先受偿或优先抵销。
笔者认为，对于留抵税额的处理，首先将税收债权做一个区分。《最高人民法院关于税务机关就破产企业欠缴税款产生的滞纳金提起的债权确认之诉应否受理问题的批复》“依照企业破产法、税收征收管理法的有关规定，破产企业在破产案件受理前因欠缴税款产生的滞纳金属于普通破产债权”的规定，我们将申报的税收债权划分为优先债权和普通破产债权，而本文仅对优先债权进行探讨。
在破产过程中，若不存在欠缴增值税和新产生销项税额，企业达到目前规范性文件所要求的退税条件是很困难的。若企业还存在除增值税外其他的欠缴税款，势必会造成间接侵害债权人利益的情形。
对该部分留抵税款应当如何处理，目前尚无明确规定。基于实践中留抵税额难以退税，即便能退，也只是增量部分，且只能退60%的情况，若可以以该部分留抵税额抵销优先的税款债权，对于保护其他债权人利益、提高破产清偿率或者重整成功率，具有非常高的价值。
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国企业破产法〉若干问题的规定（二）》第四十一条“债权人依据企业破产法第四十条的规定行使抵销权，应当向管理人提出抵销主张。管理人不得主动抵销债务人与债权人的互负债务，但抵销使债务人财产受益的除外”的规定，管理人将留抵税额优先抵扣欠缴税款（不含滞纳金），实质上增加了可供分配财产价值，提高普通债权受偿率，是一种使债务人财产受益的行为。
从现行的国际惯例来看，大多也是允许对留抵税额进行退还。
2019年我国的《增值税法》（征求意见稿）第二十一条“当期进项税额大于当期销项税额的，差额部分可以结转下期继续抵扣；或者予以退还，具体办法由国务院财政、税务主管部门制定。”该规定与此大方向一致，只是将具体的实施细则交给财政、税务主管部门制定。
笔者认为两部门的规范性文件会对39号公告的5个条件进行修改，放宽条件，让更多的企业可以申请退还。
那么对于破产企业而言，若符合退税条件后尚未退还的增值税进项留抵税款就可以适用破产抵消制度，与债务人欠缴的税收债权相互抵销。
对于进入重整程序的企业，可能会更特殊一些，但同样可以在重整计划清偿方案的安排中考虑进行抵销。如果不能抵减所欠其他税款，相当于这笔资产没有纳入重整程序处理，会损害其他债权人利益。
破产债权抵销，原则上以债权人提出为常态，管理人提出为例外。对于提出的程序尚无具体规定，笔者认为可以有两种方式：
第一种是税款债权申报后，管理人在审查认定时，在税款本金中直接抵扣留抵税额，对于差额部分予以确认；
二是参照《民法典》第五百六十九条：“当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销”的规定，通过协商一致，取得税务机关认可后，进行抵销。
关于通知的方式能否适用《民法典》第五百六十八条第二款“当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效”之规定？
笔者认为不妥。破产程序中的税款债权，可以适用相关税法及破产法，但是能否适用民法典规定，司法实践中并无定论；且该规定明确应当是“互负债务”的情形，但留抵税额并不属于“互负债务”的范畴。
因此，即便税务机关不申报税款债权，管理人在抵扣留抵税额后进行预留时应当通过发出商请函等文件进行协调，或抵扣其他资产处置产生的税费，而并非发出抵销通知。
